ณ จุดตัดระหว่างการผลิตทางอุตสาหกรรมและวิทยาศาสตร์ชีวภาพ คำถามพื้นฐานเกิดขึ้น: สารเคมีชนิดใดบ้างที่สามารถจัดว่าเป็น "ชีวภาพ" ได้อย่างแท้จริง? สารเคมีอุตสาหกรรมชีวภาพแสดงถึงหมวดหมู่เฉพาะที่แตกต่างจากสารประกอบที่เกี่ยวข้องกับเทคโนโลยีชีวภาพทั้งหมด นี่คือสารที่ได้มาจากหรือผลิตโดยสิ่งมีชีวิตโดยตรง ซึ่งไม่ได้รับการดัดแปลงทางเคมีอย่างมีนัยสำคัญในภายหลัง โดยยังคงรักษาส่วนประกอบและคุณสมบัติหลักที่เหมือนกับสถานะทางชีวภาพดั้งเดิม
สารเคมีอุตสาหกรรมชีวภาพส่วนใหญ่แบ่งออกเป็นสองประเภทที่ชัดเจน:
ความแตกต่างที่สำคัญอยู่ที่การไม่มีการดัดแปลงทางเคมี การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างหรืออนุพันธ์ใดๆ ที่สำคัญหลังจากการสกัดหรือการสังเคราะห์จะทำให้สารนั้นไม่มีคุณสมบัติในการจัดประเภทนี้ สารเคมีอุตสาหกรรมชีวภาพได้รับความสนใจเพิ่มขึ้นเนื่องจากข้อได้เปรียบที่อาจเกิดขึ้นในการต่ออายุและความเข้ากันได้ทางชีวภาพ โดยมีการใช้งานที่หลากหลายในภาคการผลิตสารเคมี ยา และการผลิตอาหาร